En Malí, el cultivo del fonio está muy presente en las regiones del sur, principalmente en Ségou y Kayes. Sin embargo, su sistema de agricultura continúa siendo tradicional. La cosecha se recoge a golpe de hoz, se agavilla y se trilla más tarde para separar el grano de la paja. El descascarillado del grano, realizado tradicionalmente por las mujeres a golpe de mortero, es una tarea que se ha aligerado mucho gracias al empleo de máquinas adaptadas. El grano blanqueado así obtenido experimenta sucesivos lavados para eliminar las impurezas, haciendo uso de una habilidad compleja que sólo las mujeres expertas dominan.

El fonio goza de buena reputación debido a su importante proporción de aminoácidos azufrados y es rico en fósforo, calcio, potasio y magnesio, que junto a los aminoácidos que contiene son imprescindibles para el buen estado de la piel, los huesos y los ligamentos. Hoy en día, este cereal disfruta de un interés renovado por sus cualidades gustativas y nutricionales.

Para valorizar más el fonio, la Unión Europea ha financiado un proyecto de investigación internacional sobre seguridad alimentaria y el ámbito prioritario de las "agriculturas biodiversas, biológicamente seguras y con valor añadido". Este proyecto, titulado Fonio, está coordinado por el Centro Internacional de Investigación Agronómica para el Desarrollo y moviliza a equipos interdisciplinares de tres países europeos (Francia, Holanda y Bélgica) y cuatro países africanos (Malí, Guinea, Burkina Faso y Senegal).

En este sentido, en la orilla izquierda del río Níger, en Ségou, Intervida se dedica desde 2007 a brindar apoyo al desarrollo de la agricultura del fonio en coordinación con este proyecto de la Unión Europea. Las acciones se han centrado principalmente en el acceso a semillas mejoradas y la mecanización de los trabajos post-cosecha.

Esta zona se enfrenta a importantes problemas climáticos que vuelven frágil su agricultura. El Sahel -la franja de transición desde Senegal hasta Níger que discurre entre el desierto y la sabana- tiene una estación de lluvias tormentosas que dura unos tres meses y otra seca de nueve meses en los que no cae ni una gota de agua. Además, la zona se enfrenta a un grave problema de deforestación y al avance del desierto, que aún hacen más extremos estos cambios. Esta situación, asociada a un crecimiento demográfico, sitúa la agricultura de la zona ante nuevos retos para evitar un incremento masivo del éxodo rural y la importación de productos.

El diagnóstico agroeconómico realizado por el equipo de Intervida en la zona en 2006 mostró la existencia de crisis alimentaria, debida, principalmente, a la baja fertilidad del suelo. Por consiguiente, el monocultivo de cereales practicado en la zona ya no asegura el sustento de aquellos que explotan estas tierras, lo que les obliga a emigrar. Algunos de ellos consiguen explotar la tierra bajo un clima caprichoso. Su estrategia se basa en el cultivo de productos menos exigentes, entre los cuales se encuentra el fonio, pero que ha sido abandonado poco a poco a causa de las penosidades de la post-cosecha. El fonio es un cereal muy pequeño, esto hace que el descascarillado sea muy dificultoso y lento. No obstante, la introducción de máquinas para desgranarlo y pelarlo han facilitado enormemente este trabajo y así es como se está reintroduciendo su cultivo y como la alimentación de la población puede mejorar.

Además, la producción de este cultivo no requiere una importante fertilización de las tierras y utiliza una capa de la tierra diferente a la del mijo y el sorgo, que constituyen los cultivos principales en la región. Asimismo, el fonio participa en la ruptura con el monocultivo y se adapta bien a las condiciones rudas de la zona.